จากเรื่องราวของบาทหลวงผู้มีบทสวดเป็นเครื่องมือในการสยบปีศาจร้าย เรื่องราวของศาสนจักรแห่งความมืด โดยการนำของ เอ็กโซซิสท์ ตัวแทนของฝ่ายมนุษย์ที่ต้องรับมือกับ เหล่าโนอาผู้มีพลังจากพระผู้เป็นเจ้าที่สามารถนำร่างวิญญาณของมนุษย์ดัดแปลงให้กลายเป็นปีศาจรับใช้และเข่นฆ่ามนุษย์ที่เรียกว่าอาคุม่า โดยท่านเคานท์พันปี และเหล่า ตะกูลโนอาเครื่องมือในการกำจัดเหล่าปีศาจนั้นมีเพียงหนึ่งเดียว อินโนเซนส์ อาวุธที่พระเจ้าประทานมาเพื่อต่อต้านเหล่าอาคุม่า อเลน วอคเกอร์ เด็กหนุ่มน้อยผู้ถูกฝึกฝนให้มาเป็นเอ็กโซซิสท์ ได้เข้าร่วมซะตากรรมสงความของศาสนะจักรแห่งความมืดและตระกูลโนอา เพื่อเอาชนะในครั้งนี้ได้หรือไม่ หรือโลกจะถูกกลืนหายโดยตระกูลโนอา หายนะแห่งวิญญาณและปีศาจมาถึงแล้ว… Credit Wikipedia

ฮันเตอร์ ชื่อเรียงของเหล่ามนุษย์ที่มีความสามารถพิเศษในการใช้อนุภาพของเน็นและเอ็น เทียบเคียงกับโลกความจริงนั้นสามารถแปลงความสามารถในความคิดให้กลายมาเป็นอำนาจจริงในรูปแบบนามธรรมและจิตใจ ความนึกคิดให้กลายเป็นของจริงขึ้นมาได้ โลกแห่งนี้มีสมาคมลับที่เรียกกันว่า ฮันเตอร์ x ฮันเตอร์ เพื่อปกครองเหล่า นักรบฮันเตอร์ และมอบหมายภารกิจในการกำจัดหัวโขมยและอาชญากรรมต่าง และจัดการคัดเลือกเหล่า ฮันเตอร์หน้าใหม่ทุกปี โดย กอร์น เด็กหนุ่ม 12 ขวบ อาศัยอยู่กับ น้าสาวชื่อ มิโตะ และคุณยาย อาศัยในเกาะปลาวาฬ ซึ่งเป็นเกาะเล็ก ๆ ที่ชาวประมงอาศัยอยู่กัน โดยกอร์น ได้รับรู้เพียงว่า พ่อและแม่ของเขาเสียชีวิตเนื่องจากอุบัติเหตุ โดยการปิดบังของน้าและคุณยาย แต่ทว่าวันหนึ่งกอร์นได้เข้าไปในป่าและถูกหมีจิ้งจอกแม่ลูกอ่อนทำร้าย ขณะที่เข้าตาจนนั้น ฮันเตอร์ ไคท์ ได้เข้ามาช่วยชีวิตไว้ และไคท์ได้เล่าให้กอร์นฟังว่า พ่อของกอร์นนั้นยังไม่ตาย แต่กลับกัน พ่อของกอร์นยังเป็นฮันเตอร์ระดับ 3 ดาวชั้นแนวหน้า และก็เป็นอาจารย์ของเขาด้วย เมื่อกอร์นได้ฟังและรู้ว่าพ่อของเขายังมีชีวิตอยู่ เขาจึงตัดสินใจที่จะออกตามหาพ่อ โดยสิ่งแรกที่เขาตัดสินใจจะทำคือ ต้องเข้าสอบนฮันเตอร์ให้ได้